San Clemente Island on Etelä-Kalifornian parhaiten varjeltu salaisuus. Useimmat sukeltajat valitsevat suositumman Catalinan saaren tai menevät etelään Coronados-saarille, mutta San Clemente on loistava paikka lyhyelle laivamatkalle San Diegosta.

Ruby E:n hylky on osa San Diegon kuuluisaa "Wreck Alley" -aluetta. Hieman Mission Bayn edustalla sijaitsevalle Ruby E:lle pääsee vain veneellä, ja se sijaitsee syvemmällä vedessä, joten sitä suositellaan vain edistyneille sukeltajille.

Yukon sijaitsee alueella, joka tunnetaan nimellä "Wreck Alley", ja se on San Diegon suosituin hyly sukelluskohde ja yksi koko Kalifornian suurimmista hylyistä 366 jalan pituudellaan! Aivan Mission Bayn edustalla sijaitseva Yukon on edistyneille tarkoitettu sukellus, sillä se on yli 30 metrin syvyydessä.

Mission Bay ei ole kaikkein toivotuin sukelluskohde, mutta se on hyvä varapaikka erityisesti avovesikursseille, kun meren aallokko on liian korkea sukeltamiseen. Lahti on suojattu, joten vesi on aina tyyni, mutta näkyvyys ei ole hyvä eikä siellä ole paljon nähtävää.

Aivan kulman takana yhdestä Etelä-Kalifornian suosituimmista sukelluskohteista La Jolla Shoresista sijaitsee La Jolla Cove, jossa asuu merileijonaryhmä. Tämä paikka on kallioisempi ja siellä on levää, joten se on paljon erilainen kuin La Jolla Shoresin naapuri.

Sisäänkäynti: käytä Marine Room -ravintolan vieressä olevaa kujaa. Varo korkeamman vuoroveden aikana, sillä vesi huuhtoutuu portaille. Hiekkapohja, pysyy 3-5 metrin syvyydessä vähintään 100 metrin päässä rannasta.

La Jolla Shores on San Diegon piirikunnan suosituin sukelluspaikka. Kellogg Parkista pääsee helposti rannalle, ellei aallokko ole kova, jolloin vain korkean aallokon kokeneiden kannattaa sukeltaa.

Rinteen ulkoreunoilla sijaitsevat leväpohjat ovat suosittuja kalastuspaikkoja, ja niillä voi tarkkailla hylkeitä, delfiinejä, lintuja ja kaloja. Rinteen takana pohja syöksyy äkillisesti 150 metrin syvyyteen La Jolla Canyoniin. Puiston sisällä kanjoni on 180 metrin (600 jalan) syvyinen.

Tämä sukelluskohde sijaitsee aivan Kalifornian rannikolla Encinitasissa, korttelin päässä länteen historialliselta 101-merenkulkutieltä. Sukelluskohteen yläpuolella on parkkipaikka, josta johtaa polku suoraan rannalle. Polku on vain parisataa metriä pitkä, mutta siinä on useita mutkia.

Vähän tai ei lainkaan virtaa, helppo sukellus sukeltajille, jotka etsivät makroa, mutta myös runsaasti kalakantoja kaikissa kypsyysvaiheissa. Maksimisyvyys 65 jalkaa; veden lämpötila matalalla 80-luvulla.